Zgodovina Madagaskarja je ena najbolj nenavadnih na svetu. Otok je bil poseljen presenetljivo pozno, šele pred približno 2000 leti, ko so sem – neverjetno, a resnično – s kanuji pripluli ljudje iz oddaljenega Bornea (Indonezije) in se pomešali s prišleki iz Afrike. V 17. in 18. stoletju je otok postal legendarno zatočišče piratov; na otoku Sainte Marie so ti ustanovili celo utopično republiko "Libertalia", kjer so vsi živeli enakopravno.
Kasneje se je na višavju vzpelo mogočno kraljestvo Merina, ki je v 19. stoletju zedinilo skoraj celoten otok. Najbolj razvpita vladarica je bila kraljica Ranavalona I., znana kot "nora kraljica", ki je surovo preganjala kristjane, zaprla meje in se desetletja uspešno upirala evropskim silam. Leta 1896 so Francozi otok vendarle kolonizirali, ukinili monarhijo in zadnjo kraljico izgnali. Neodvisnost je Madagaskar razglasil leta 1960.
Krščanstvo so v 19. stoletju prinesli misijonarji (londonski protestanti in kasneje katoliki). Danes je to prevladujoča vera (približno polovica prebivalstva), vendar na edinstven način. Malgaši so krščanstvo prepletli s starodavnim kultom prednikov. Jezus in cerkev sta pomembna, a duhovi prednikov (razana) so tisti, ki vsakodnevno vplivajo na življenje. To se najlepše vidi pri obredu Famadihana ("obračanje kosti"), ko kristjani izkopljejo svoje pokojne, jih preoblečejo in z njimi plešejo. Vera tu ni toga dogma, ampak živahno sožitje svetega pisma in lokalnih tabujev (fady).
Za Slovence ima Madagaskar poseben pomen zaradi misijonarja Pedra Opeke. Ta karizmatični lazarist slovenskih korenin (rojen v Argentini) je leta 1989 na smetišču v Antananarivu začel "čudež". Ustanovil je humanitarno združenje Akamasoa ("Dobri prijatelji") in dobesedno iz smeti zgradil kraj upanja. Kjer so ljudje nekoč brskali za ostanki hrane, danes stojijo urejene vasi, šole, bolnišnice in kamnolomi, kjer imajo ljudje delo in dostojanstvo.